Film ini akan membawa kita pada awal pada saat Rantaro (Kato Seishiro) baru masuk ke akademi ninja. Rantaro sendiri berasal dari keluarga ninja yang miskin, dimana sang ayah dahulu adalah mantan ninja namun kini hanya bekerja sebagai petani biasa. Rantaro diharapkan oleh kedua orang tuanya bisa menjadi ninja kelas atas yang hebat. Diakademi ninja itu, Rantaro tergabung dalam kelas Ha, yang isinya adalah murid-murid yang bisa dibilang paling bodoh. Disana ia berteman dengan Kirimaru (Hayashi Roi) yang mata duitan dan Shinbei (Kimura Futa) yang jago makan dan tidur. Tahun pertama kehidupan mereka di akademi ninja tersebut diisi dengan berbagai macam kekonyolan dan kebodohan dalam tiap pelajaran ilmu ninja yang diberikan.
Pada paruh pertama kita masih belum akan disuguhi banyak konflik. Paruh pertama film ini masih diisi dengan perkenalan-perkenalan pada masing-masing karakter dalam film. Mulai dari Guru yang dekat dengan anak-anak, Pak Guru Yamada yang senang berdandan sebagai perempuan, ibu kantin yang ketat soal makanan, kepala sekolah yang jago tapi sudah berumur, Yamamoto Shina sang wanita misterius, sampai Happosai si ninja jahat tapi konyol yang berkepala besar. Semua karakter mendapat kesempatan menampilkan ciri khasnya. Hebatnya lagi, tampilan mereka sama persis dengan yang selama ini kita kenal baik di anime ataupun manganya. - Ninja Kids